들어가며: "무서워서 못 받던" 세액공제, 이제는 받으세요
그동안 스타트업 대표님들은 직원을 채용하고도 세금 혜택 신청을 망설였습니다.
"지금 공제받았다가 나중에 직원 그만두면 공제받은거 토해내야 하잖아요(사후관리 추징). 우리는 입퇴사가 잦은데 괜히 받았다가 토해내기 싫어요."
맞습니다. 기존 '통합고용세액공제'는 고용이 감소하면 받았던 세금을 다시 납부해야 하는 '추징' 규정과, 매월 인원수를 계산하는 복잡한 방식 때문에 부담이 매우 큰 세액공제였습니다.
하지만 2026년부터는 이 모든 것이 바뀝니다. '줬다 뺏는' 규정이 사라지고, 골치 아픈 인원 계산법도 합리적으로 바뀝니다. 2026년 세법 개정안의 핵심, 스타트업이 꼭 알아야 할 2가지를 정리해 드립니다.
혁신적 변화 1: '토해내는(추징)' 공포가 사라집니다
가장 큰 변화는 사후관리 폐지입니다. 제도가 '고용증가 공제'와 '고용유지 공제'로 이원화되면서 리스크가 완전히 제거되었습니다.
구분 | 기존 (~2025년 귀속) | 변경 (2026년 귀속~) [핵심] |
기본 구조 | 고용 증가 시 공제 + 2~3년 인원 유지 의무 | 1년 차 '증가 공제' + 2~3년 차 '유지 공제' |
인원 감소 시 | 공제받은 세액 추징 | 기 공제액 추징 없음 (단지 유지 공제만 못 받을 뿐) |
전략 | 고용 유지 불확실하면 포기 | 일단 받고 본다 (리스크 Zero) |
[스타트업 활용법]
이제는 "나중에 직원이 나가면 어떡하지?"를 걱정할 필요가 없습니다. 2026년에 직원을 뽑아 세금 혜택을 받았다면, 2027년에 그 직원이 퇴사해도 이미 받은 2026년 혜택은 확정적으로 내 것이 됩니다. 단지 2027년의 '유지 보너스'를 못 받을 뿐입니다. 불확실성 때문에 혜택을 포기하던 시대는 끝났습니다.
혁신적 변화 2: '상시근로자' 계산, 월말 기준으로 심플하게!
그동안 스타트업을 괴롭혔던 또 하나의 문제는 "도대체 누구를 몇 명으로 셀 것인가?"였습니다.
기존에는 월 중도 입·퇴사자 처리, 단기 계약직 포함 여부 등 계산식이 복잡하여 세무조사 때마다 다툼의 대상이 되곤 했습니다.
2026년부터는 상시근로자 수 계산 방식과 범위가 대폭 정비됩니다.
① '월말 기준' 원칙의 명확화
기존에는 월중에 퇴사하거나 입사한 경우 '근로제공 월수'를 따지는 등 복잡했으나, 개정법은 '해당 월의 말일 현재 근무 중인 자'를 기준으로 판단하는 원칙이 강화됩니다.
•
의미: 월중에 퇴사자가 발생해 잠시 공석이 생기더라도, 월말까지만 충원하면 인원수 감소를 막을 수 있는 등 인력 관리의 유연성이 생깁니다. 복잡한 일할 계산의 늪에서 벗어나 직관적인 인원 관리가 가능해집니다.
② 지원 대상(상시근로자) 범위의 합리화
지원대상인 '단기 근로자'의 제외 기준 명확화하였습니다.
1년 미만 단기 계약직이나 초단시간 근로자는 상시근로자에서 제외되었습니다.
개정된 규정은 근로계약의 실질을 따져, 불안정한 단기 인력은 계산에서 쿨하게 제외하고, 실질적인 정규직 증가분에 대해서만 혜택을 집중하도록 바뀝니다.
또한 실제 근로기간이 1년 이상인 근로자를 상시근로자로 보도록 판단기준을 변경하였습니다.
이로 인해 근로자를 고용한 해에는 실제 근로기간 1년 미만으로 상시근로자에 해당하지 않고, 그 다음해부터는 실제 근로기간이 1년 이상이 되어 세액공제를 적용할 수 있습니다.
전문가의 조언: 2025년 말, 무엇을 준비해야 할까?
이 모든 혜택은 2026년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도부터 적용됩니다. 따라서 지금(2025년 12월) 채용 계획이 있다면 전략적인 타이밍 조절이 필요합니다.
1.
채용 타이밍 조율 :
급한 인력이 아니라면 채용 시기를 2026년 1월로 미루십시오.
•
25년 12월 채용: 구법 적용 (2년간 인원 유지 의무, 추징 위험 존재)
•
26년 1월 채용: 신법 적용 (추징 위험 없음, 계산 간편)
2.
근로계약서 재정비:
2026년부터 명확해지는 상시근로자 기준에 맞춰, 현재 근무 중인 인력의 계약기간(정규직 vs 계약직)과 근로시간을 명확히 구분해 두어야 합니다.
특히, 1인당 상대적으로 큰 공제를 받을 수 있는 청년의 경우 계약직은 청년으로 인정되지 않기 때문에 주의가 필요합니다.
맺음말
정부가 스타트업에게 보내는 시그널은 명확합니다. "복잡한 계산과 추징 공포 때문에 채용을 주저하지 말라"는 것입니다.
2026년, 바야흐로 '채용이 곧 절세'가 되는 진짜 기회가 옵니다. 리스크 없는 세금 혜택, 이제는 놓치지 말고 다 챙겨가시길 바랍니다.
